โรงเรียนอนุบาลจันทยานนท์ ได้ดำเนินการจัดการศึกษาระดับปฐมวัย โดยยึดแนวการจัดประสบการณ์ ของสำนักบริหารงานคณะกรรมการส่งเสริมการศึกษาเอกชน และหลักสูตรอนุบาลศึกษาปี2540และ2546 ของกรมวิชาการเป็นแนวการในการจัดกิจกรรมการเรียนการสอน รวมทั้งได้ร่วมกับกรมการศึกษานอกโรงเรียน และกรมสามัญศึกษาพัฒนาหลักสูตรการการศึกษานอกโรงเรียนแบบเบ็ด
เสร็จขั้น พื้นฐานสำหรับบุคคลออทิสติกและหลักสูตรการช่วยเหลือระยะแรกเริ่มสำหรับ
บุคคลออทิสติกขึ้น ในปีการศึกษา2542 และ 2543 ตามลำดับ และในปีการศึกษา2543 ได้ร่วมโครงการทดลองจัดหลักสูตรการศึกษานอกโรงเรียนแบบเบ็ดเสร็จขั้น
พื้นฐานสำหรับ บุคคลออทิสติกกับศูนย์การศึกษานอกโรงเรียน กรุงเทพมหานคร1 มาจนถึงปัจจุบันและประสบความสำเร็จโดยได้รับรางวัลหน่วยงานที่จัดการศึกษา
นอกโรงเรียน สำหรับกลุ่มเป้าหมายพิเศษดีเด่นประจำปี พ.ศ. 2544 ของกรมการศึกษานอกโรงเรียน กระทรวงศึกษาธิการ

        โรงเรียนเป็นแหล่งเรียนรู้ศึกษาดูงานด้านการจัด การศึกษาพิเศษ โดยมีบุคลากรจากหน่วยงานต่างๆทั้งภาครัฐ เอกชนและองค์กรระหว่างประเทศร่วมกิจกรรมอย่างสม่ำเสมอและได้ร่วมจัดกิจกรรมการฝึกอบรมครู บุคลากร ผู้ปกครองกับองค์กรเครือข่ายอย่างต่อเนื่อง รวมทั้งสนับสนุนการรวมกลุ่มของผู้ปกครองเด็กที่มีความต้องการพิเศษ โดยให้ใช้สถานที่ของโรงเรียนเป็นที่จัดตั้งชมรม มูลนิธิเพื่อบุคคลออทิซึม(ประเทศไทย)และสมาคมผู้ปกครองบุคคลออทิซึม(ไทย) ซึ่งเป็นมูลนิธิและสมาคมระดับชาติของผู้ปกครองบุคคลออทิสติกในประเทศไทย ในปีการศึกษา 2546 โรงเรียนได้จัดตั้งศูนย์บริการการศึกษาเด็กออทิสติกและสมาธิสั้นแบบครบวงจรขึ้น เพื่อจัดโปรแกรมและกิจกรรมการส่งเสริมพัฒนาการอย่างเข้มข้นและเป็นแหล่งสนับสนุนวิชาการแก่ครูผู้สอน ผู้ปกครองและชุมชน